Kamakura (1192-1333.a) ja Muromachi (1333-1573.a) ajastu.
Tegelikult kujunes jaapani aed välja alles 10.-12. sajandil ja saavutas õitsengu 14.-16. sajandil, mil kujunesid välja selle põhilised vormid, mida hiljem sajandite jooksul on täpsustatud ja täiendatud.
Budism kui filosoofia hakkas Jaapanis levima alles 12 sajandil zenbudismi ehk zeni näol. Ilma zeni õpetust tundmata on võimatu mõista zenbudistlike templiaedade omapära.
Zeni mõtteviisi hakkas kandma 12 sajandil võimule tulnud sõjaväeline klass – bushi (samurai on sama nagu rüütel läänes). Võimsate klannide vahel käis sajandite jooksul võitlus ülemvõimu ja shōguni tiitli pärast, kuid samal ajal ei puudutanud keegi keirikoda. Kuigi võim võis olla shōguni käes, ei arvestanud kohalikud mõisnikud – daimyō`d sellega eriti, sest nende heaolu sõltus kohalikest vasallidest ja nendel omakorda talupoegadest. Talupojad olid vabad ja nende rahutusi toimus pidevalt.
Bushi ehk samuraide elustiil oli vastandlik aristokraatia omale, ausse tõsteti mehelikkus, jõud, lakoonilisus. Samurai moraalikoodeks – bushido nõudis julgust, surmapõlgust, vennalikkust, truudust, puhtust mõtetes ja tegudes. Oluline oli keha ja vaimu treening.
Viimane sarnanes zenmunkade omale, kus olulisel kohal oli enesevaatlus ja meditatsioon. Selle ajastu kultuuri iseloomustab jõulisus, ehitati vägevaid losse Zenbudistlik mõttelaad avaldub eriti ilmekalt tollases tuššimaalis, kus idee antakse edasi võimalikult väheste vahenditega. Läbi välise püüti näha nähtuste tõelist olemust, püüti näha suurt väikeses ja suursugusust lihtsuses.
Vastavalt zeni doktriinile annab kunstnik oma teoses edasi tõde. Kuid tõde zenis on Buddha ehk kõiksus, mis asub kõikjal, inimese südames ja teda ümbritsevas looduses. Et ümbritsevat kujutada on vaja tunnetada selle olemust, kokku sulada sellega. Kunstnik ei tohi ümbritsevat kopeerida, vaid peab väljendama oma nägemust ümbritsevast tegelikkusest, selle igast elemendist. Jaapani kunstnikud, kes jälgivad zen doktriini, enne kui võtavad kätte pintsli, viivad end samadhi seisundisse, mis võimaldab neil läbi elada ühinemist loodusega.
14. sajandil saab zenbudism Jaapanis tegelikult valdavaks filosoofiaks ja zenbudistlikud templid hakkavad saama valitsevate klannide pidevat materiaalset toetust. Tänu sellele lähevad äärelinnades suured maa-alad zenbudistlike kloostrite valdusesse.
Zenbudistlike aedade kujundamisel võeti eeskujuks keisrikoja ja aristokraatia paleede aiad, kuid kujundati need vastavalt zeni põhimõttele kohaks, mis sobib enesevaatluseks ja meditatsiooniks. Aed koosneb ainult kõige olulisematest elementidest, kusjuures oluliseks muutub tühjuse kontseptsioon – mu. Tühjuse mõiste tuleb india budismist, kus seda nimetatakse shunyata. Ka taoistlikus filosoofias on tühjusel positiivne tähendus, seda nimetatakse kõige alguseks, sest taeva ja maa vahel on tühjus. Savist valmistatakse nõu, kuid tegelikult kasutatakse tühjust selle sees, ehitatakse maja, kuid kasutatakse seal sees olevat tühjust. Ainult tühjuses on võimalik liikumine. Inimene, kes suudab luua eneses tühjuse, kuhu saavad tulla teised, muutub igasuguse olukorra peremeheks.
Zenbudistliku õpetuse järgi valgustatus saavutataksegi tühjusesse jõudmisega.
Üks vanemaid on Saihō-ji aed, mille rajas 1337.aastal kunstnik munk Musō Kokushi. Suur aed paikneb kahel tasapinnal, alumine sambla aed oma ühtlase rohelise koloriidiga sisendab rahu ja vaikust, ülemine kuiv aed aga võimsate kivide ja kolmeastmelise kaskaadiga loob tunde looduses toimivatest vastandlikest jõududest.
1397. aastal hakati shōgun Ashikaga Yoshimitsu käsul ehitama Heiani loode ossa Higashiyama mäe jalamile elegantset Kinkakuji – Kuldset templit, mille katus kaeti tõeliselt kuldplaatidega. Aia kujundas Musō Sōseki sellise arvestusega, et see oleks vaadeldav 
kolmekorruselisest templist. Olulisim on templit ümbritsev suur veekogu, milles on kaks suurt saart, kilpkonna ja kure saar ja palju kaljusid ja kive. Mere kilpkonn, kes sukeldub mere põhja, sümboliseerib inimese hinge sügavust, kurg aga lendab kõrgusesse näidates inimese võimet saavutada kirgastumine. Avaral veepinnal peegelduv taevas ja maa loovad mulje rahust ja harmooniast.
15. ja 16. sajandil, mil shōguni tiitel kuulus Ashikaga klanile, ulatus selle tegelik võim suhteliselt kitsale maa-alale, ülejäänud osas oli maaomanik – daimyō oma mõisas täielik peremees. Rikkad maaomanikud ehitasid võimsaid losse, mille ümber hiljem hakkasid kujunema linnad, hakkas arenema kaubandus ja käsitöö. Ka templid kujutasid omaette majapidamisi ja tihti väga jõukaid.
Ilmalikke ehitusi hakati ehitama shoin-zukuri stiilis (shoin tähendab kabinetti). Ruumid külgnesid üksteisele, galeriid puudusid. Ruum muutus karbikujuliseks ja suletuks, seintesse ehitati kapid ja riiulid. Vastuvõtu ruumi kaunistas kodune altar – tokonoma. Tihti moodustasid välispiirde lükandseinad, mis võimaldasid ühendada sise- ja välisruumi.
1483-ndal aastal ehitati 8. Ashikaga soost shōgun Yoshimasale Heiani idaossa Ginkaku-ji – Hõbetempel. Kuigi tollal toimus maal talupoegade rahutusi ja käis võitlus võimu pärast, tegeles Yoshimasa teetseremoonia ja lillede seadmisega.
Ginkaku-ji kompleks on näide ehitise ja aia täiuslikust harmooniast. Peahoone ees on hõbedase liivaga kaetud plats, millel on ühe Hiinas asuva järve kuju. Selle taga on puhas valge liiv. Kahekorruseline tempel on pühendatud Halastusjumalannale.Templi katusel on fööniks, iga kivi siia aeda olevat toodud Jaapani erinevast osast. Templit piirab idast imeilus mägi - Tsukimachi-yama, millest voolab aias olevasse järve peenike juga.
Aias on ka allikas, mille vett olevat Yoshimasa kasutanud teetseremooniatel. Jaapani aiakunstis peetakse koske, juga, allikat ja tiiki väga oluliseks aia osaks.
Väga kuulus on Ryoan-ji aed, milles tuleb selgesti nähtavale tühjuse kontseptsioon. See on kõige lakoonilisem zenbudistlike templiaedade hulgas. Sellist aeda, kus ei esine vett, nimetatakse kare-sansui – kuiv aed. Aia rajas 1450. aastal Daiunzeni templi juurde Hosokawa Katsumoto. Aed on tasapinnaline ristkülikukujuline kruusaga kaetud väljak mõõdetega 23 x 9 meetrit, millele on paigutatud 5 grupina 15 kivi.
Esmane mulje on range ja puhas. Kivid, mis on grupeeritud nii, et kahest küljest vaadelduna jääb üks kivi alati nähtamatuks, loob salapärase mulje. Siin on fantaasial vaba voli. Kaasaja inimesel võib tekkida mulje merest, kus lained uhuvad kaljusid, või pilverüngastega kaetud taevalaotusest, kuid zenbudisti jaoks on see parim koht mediteerimiseks. Aias ei ole ühtki taime, mis kasvaks või muutuks vastavalt aastaajale. Üldmulje on vaikus, rahu, tasakaal ja harmoonia.
Äärmiselt nappide vahendite, kivide ja kruusa abil, kujutati kogu maailma mudelit. Budistliku mõtteviisi järgi sümboliseerivad kivid inimese vaimset maailma, vesi või selle sümbol kruus aga materiaalset. Daitoku-ji templi kompleksi kuuluv Daisen-in (1509.a) on iseloomulik näide zenbudistlikust aiakunstist, kus ainult kivide ja kruusaga on loodud pilt võimsast kosest ja üle kuristiku viivast sillast.
Kõigil 30 kivil on nimed, sealhulgas Buddha aste jälg, kilpkonn, halastus-jumalanna Kanon, tiigri pea, valge pilv jne. Kivid on paigutatud gruppidesse nii, et nad kujutavad mitmesuguseid olukordi inimese püüdlemisel valgustatuse poole. Aed on loodud mediteerimiseks, nii nagu Daisen-in aia teinegi osa "tühjuse ookean".
Daisen-in templi aed "tühjuse ookean"
Tolle ajastu zenbudistlike templite ja kloostrite juurde rajatavad aiad muutusid omamoodi maailma mudeliks. Taimede, kivide, vee esteetiline väärtus muutus teisejärguliseks võrreldes sellega, mida nad sümboliseerisid. Siit võib leida shintō mõju, nimelt kivide ja kaljude jumalikustamine, kruusaga kaetud väljak kui jumalatele meeldiv paik. Iga eset vaadeldakse tema tegeliku kuju juures ka kui sümbolit. Seega oleneb aia mõju inimesele budistliku filosoofia ja selle sümboolika tundmisest, aga ka hetke meeleolust.
Zenbudistlikus õpetuses on üsna erinevaid koolkondi, kellele kuuluvad omad templid ja kloostrid, mille juurde kuulusid juba 14. sajandil ka erinevad aiakujunduskunsti koolkonnad.
Samal ajal rajati aga paleede juurde ka varasemale ajastule iseloomulikke aedu. Äärmiselt stiilsete palee aedade ja zenbudistlike aedade kõrval on sajandite jooksul rajatud palju igasuguseid vahepealseid aedu.
16. sajandi lõpus ägenes klannide vaheline võitlus võimu pärast. 1600.a. toimus kuulus Sekigahara lahing, mille järel tuli võimule Tokugawa klann, kes ühendas kogu Jaapani ja valitses kuni 1868. aastani.