Jaapani sõna zen tuleneb hiina sõnast chan, see omakorda sanskriti dhyana`st (meditatsioon). Arvatakse, et chan’ile pani aluse Bodhidarma, kes saabus Hiinasse Indiast 520. aastal. Jaapanlased ise väidavad aga, et nende zeni on jäänud õige vähe hiina ja india budismist. Põhiline osa on tõeliselt jaapanlik.
Zeni üheks suuremaks autoriteediks on mahayana-budismi kuues patriarh Hui Neng. Õpetuse edasine levik Jaapanis on seotud kahe nimega – Eisai ja Dōgen. Eisai lõi 1191. aastal Rinzai sekti, mida toetas valitsev Hōjō klan. Rinzai sekti eesmärk on valgustatus – satori, olemise mõtte tunnetamine, mille saavutamise aluseks on kōan – lõksküsimused ja mõistatused, nagu näiteks "Kellele sa sarnanesid enne sündi?". Vastuse leidmiseks tuleb loobuda spekulatiivsest formaal-loogilisest mõtlemisest ja üle minna intuitiiv-alateadlikule tõeluse taipamisele “otse”, vabana diskursiivse aju moonutustest. Kirgastumine ehk äkkvalgustatus saavutatakse ootamatult.
Dōgeni arvates viib Rinzai sekti õpetus sageli egoismi kultiveerimisele õpetuse järgijais. Seepärast loobus Dogen koan’ide kasutamisest ja rajas 1227. aastal Sōtō sekti, kus on kesksel kohal “istudes mediteerimise” – zazen’i, mis tähendab istumist mugavas joogapoosi meenutavas asendis ja loobumist kõigist mõtetest, mis seotud igapäevase elu ettevõtmiste, hoolte ja muredega. Satori saavutatakse mitte tahte pingutuse vaid (lääne psühholoogia määratluses) isiksusliku kasvu tulemusel, pikkamööda. Tänapäeva Soto sekti liikmed väärtustavad mitte üksnes satori-ideaali vaid ka sellele lõppeesmärgile kulgemist, mis juba ise lisab meelerahu, hingelist tasakaalu ja toimimatu toimimise (wu wei) mõistmist. Dogen sidus zeni jaapanlase igapäevaeluga. Munkade elu templites planeeriti nii, et igapäevased tööd vaheldusi dmediteerimisega kõndides (kinhin) ja töötades (samu).
Sajandite jooksul on zen Jaapanis jõudnud pea kõigi elukutsete juurde. Zen on enne kõike elustiil. Zeni olemust võib tunnetada, läbi elada, kuid ei saa sõnadega seletada. Väidetavalt on kõik väljapaistvad saavutused Jaapanis kantud zeni vaimuväest, sellest jõust, mis mobiliseerib ja keskendab inimese energia ühele eesmärgile, olgu see siis kunstiteose loomine või võitlus vastasega spordis ja lahingus.
Zeni treening seisneb seda õpetust toetavas eluviisis, mis sisaldab nii kehalisi kui vaimseid harjutusi. Kaasajal võib olla selle eesmärk väga erinev, näiteks: 1) psüühhika stabiliseerimine, vabanemine mingist vaimsest häirest, 2) kehalise toonuse tõstmine, kehaliste võimete arendamine mingis suunas, 3) intellektuaalsete võimete tõstmine, oma sisemaailma rikastamine, 4) temperamendi muutmine, 5) tahtejõu kasvatamine, 6) töö tootlikkuse tõstmine jne. Seega oleneb inimesest, millise suuna zen võtab, kas praktilise või müstilise, või on segu neist mõlemist.
Mis on siis zen?
Zeni õpetuses puuduvad jumalad. See on enesetunnetuse süvendamine ja enese arendamine ilma töö ja tegevuse katkestamiseta. See on sõltumatus sõnadest, sest sõnadega on võimatu edasi anda nähtuste tõelist olemust. Inimene on selles teadlik iseenesest just sellisena nagu ta on, inimene mõistab, et seesama koht, kus ta seisab on paradiis ja Buddha on ta ise.