Jaapani vanimad ajaloo kohta kirjutatud teosed on “Kojiki” (vanade asjade üleskirjutus 712.a.) ja “Nihonshoki” e. “Nihongi” (Jaapani ajalugu 720.a.)
“Kojiki”, mille koostas Ono Yasumaro, 1. osa sisaldab müüte, 2. Ja 3. osa legende keisrite valitsemisest. Ka “Nihonshoki”, mis on kirjutatud hiina keeles, sisaldab samuti müüte, legende ja pärimusi.
Arheoloogolina ajalugu algab Jomoni kultuuriga (jomon – nöörornament), mis jaguneb:
Varane Jomon 6 – 2,5 tuhat aastat eKr.
Kesk Jomon 2,5 – 1,5 “
Hiline Jomon 1,5 – 0,5 “
Hiliseim Jomon 0,5 – 0,4 “
Jaapani asend mandrist kaugel asetsevatel saartel ei võimaldanud kuni 3. sajandini eKr suhtlemist mandril asuvate rahvastega. Isoleerituse tõttu valitses seal kiviaeg, ei tuntud põllumajandust ega karjakasvatust. Inimese elu oli täis müstikat, kartust loodusjõudude eest, mis leidis väljenduse inimese loomingus.
Jomoni kultuuri iseloomustavad kivikompositsioonid, keraamika ja dogu’d, savist valmistatud naisfiguurid.
Paljud keskmise ja hilise Jomoni kivikompositsioonid, mis kujutasid mehelikku ja naiselikku alget, on säilunud kaasajani. Viljakust soodustavalt pidid mõjuma fallose kujulised kompositsioonid. Kividega piirati ka iwasaka’d ja shiki’d – kohad, mis olid ette nähtud kami’dele. Hiljem hakati nendele kohtadele katuseid peale ehitama ja nii tekkis algeline pühamu. Paljusid huvitava kujuga kaljusid ja kive peetakse pühadeks, kami’deks. Kivide kultus on Jaapanis säilunud tänapäevani.
Keraamilisi anumaid kasutati nii rituaalide juures kui ka igapäevases elus. Selle aja keraamikat iseloomustab köie või nööri abil peale pressitud ornament. Nõu valmistati nöörikujuliseks vormitud savist, mis keerati kokku spiraalina ja tasandati nii seest kui ka väljast pulga või mõne muu esemega. Nõud ei olnud eriti tugevad ega vettpidavad, sest põletus toimus madalal temperatuuril. Anumatel kujutati mere ja veestiihhiat, maa, päikese ja taevatähtede sümboleid. Jaapani arheloogid on välja kaevanud tohutult palju vana keraamikat, mille hulgas mõne nõu vanuseks loetakse isegi üle 10 000 aasta.
Savist valmistatud dogu’de mõõtmed on mõnest sentimeetrist kuni poole meetrini. Eriti iseloomulikud on nad kesk- ja hilisele Jomonile. Paljudel figuuridel on suured silmad, kuid miks, ei osata seletada, oletatakse, et tegemist võib olla maskiga. Rõhutatakse naiselikke tunnuseid. Miks neid tehti? On mitmeid versioone: 1) laste mänguasjad; 2) jumalate kujutused; 3) viljakuse sümbolid; 4) amuletid. Võib arvata, et nii üks kui teine oletus on õige.